Có 2 nguyên nhân chính liên quan đến loét dạ dày là và loét tá tràng. Nhiễm H. pylor là nguyên nhân lớn nhất (95% và 85%) việc điều trị nguyên nhân này đòi hỏi phải dùng các phác đồ phối hợp kháng sinh và thuốc ức chế tiết acid. Ngoài ra, loét do dùng thuốc chống viêm phi steroid là nguyên nhân chủ yếu thứ 2 mà việc điều trị loét do nguyên nhân này còn chưa được thống nhất. Do đó việc điều trị loét dạ dày nói chung đặt ra nhiều vấn đề về thuốc như dùng phác đồ nào, thời gan điều trị và theo dõi tiếp bao lâu. Ngoài ra cần xác định ảnh hưởng của H. pylory đối với loét do NSAID và vai trò của tiêm chủng vaccin chống vi khuẩn này.