Các di chứng chính thường gặp ở bệnh nhi VNNB gồm: hội chứng tháp, hội chứng tiểu não, hội chứng ngoại tháp, động kinh (cơn cục bộ, cơn toàn bộ, cơn vắng ý thức, h/c West), rối loạn ngôn ngữ, rối loạn tâm thần, rối loạn TKTV và dinh dưỡng.